Los objetivos principales del ENS son los siguientes:
Crear las condiciones necesarias de seguridad en el uso de los medio electrónicos, a través de medidas para garantizar la seguridad de los sistemas, los datos, las comunicaciones, y los servicios electrónicos, que permita el ejercicio de derechos y el cumplimiento de deberes a través de estos medios.
Promover la gestión continuada de la seguridad.
Promover la prevención, detección y corrección, para una mejor resiliencia en el escenario de ciberamenazas y ciberataques.
Promover un tratamiento homogéneo de la seguridad que facilite la cooperación en la prestación de servicios públicos digitales cuando participan diversas entidades. Esto supone proporcionar los elementos comunes que han de guiar la actuación de las entidades del Sector Público y de sus proveedores tecnológicos en materia de seguridad de las tecnologías de la información.